Laboratorium Kesehatan Hewan dan Reproduksi Ternak adalah salah satu fasilitas laboratorium yang dimiliki oleh Politeknik Pembangunan Pertanian Yogyakarta Magelang yang berkaitan dengan pelayanan Pendidikan, perawatan, pengobatan, pelayanan kesehatan, pengendalian, penanggulangan penyakit hewan serta hal hal terkait reproduksi ternak. Laboratorium Kesehatan Hewan dan Reproduksi Ternak terdiri dari 2 gedung utama yaitu Laboratorium Kesehatan Hewan dan Laboratorium Reproduksi Ternak, dimana masing-masing gedung memiliki pengelola (PLP Ahli Pertama). Gedung Laboratorium Kesehatan Hewan dilengkapi dengan 4 (empat) ruangan yaitu kelas yang biasanya digunakan untuk praktikum, kantor sekaligus penyimpanan alat laboratorium, ruang obat, dan gudang penyimpanan bahan. Dalam upaya peningkatan kesehatan hewan di Politeknik Pembangunan Pertanian Yogyakarta Magelang, melalui Laboratorium Kesehatan Hewan melaksanakan pelayanan kesehatan hewan yang ditujukan kepada civitas akademika maupun masyarakat luas. Pelayanan kesehatan tersebut meliputi pengambilan, pemeriksaan dan pengujian sampel hewan atau ternak, serta pengobatan penyakit hewan. Kapasitas laboratorium kesehatan hewan sekitar 30 orang.